Alueosuuskaupan keskeiset hallintoelimet ovat: asiakasomistajat, edustajisto, hallintoneuvosto, hallitus ja toimitusjohtaja. Edustajisto käyttää alueosuuskaupassa omistajille kuuluvaa ylintä päätäntävaltaa niissä asioissa, jotka sille lain ja sääntöjen mukaan on määrätty. Edustajisto ei ole osuuskunnissa pakollinen toimielin, vaan se korvaa suurissa osuuskaupoissa osuuskunnan kokouksen.
Osuuskuntalaki ei edellytä hallintoneuvoston asettamista, mutta osuuskaupan säännöissä on määritelty hallintoneuvoston olevan osa hallintomallia. Mittavan omistajamäärän osallistuminen päätöksentekoon edellyttää laajaa luottamushenkilö- ja omistajaedustusta hallinnossa. Hallintoneuvostolla on usein tärkeä rooli osuuskunnan toiminnassa. Hallintoneuvoston tehtävissä korostuvat valvontaan liittyvät kysymykset. Osuuskaupassa hallintoneuvosto valitsee laajan omistajakentän edustajana hallituksen jäsenet.
Alueosuuskaupan hallituksen muodostavat toimitusjohtaja ja osuuskaupan mukaan eri määrä hallintoneuvoston kalenterivuodeksi kerrallaan valitsemaa jäsentä. Hallituksen puheenjohtajana on toimitusjohtaja osuuskunnan sääntöjen mukaisesti. Alueosuuskaupan hallituksen tehtävänä on edistää osuuskaupan etua huolellisesti ja hoitaa sen asioita osuuskuntalain, osuuskaupan sääntöjen, hallintoneuvoston vahvistaman ohjesäännön sekä edustajiston ja hallintoneuvoston antamien ohjeiden ja päätösten mukaisesti. Hallitus vastaa osuuskaupan liiketoiminnan menestyksellisyydestä.
Alueosuuskaupalla on toimitusjohtaja, jonka tehtävänä on johtaa osuuskaupan toimintaa lain ja sääntöjen sekä hallintoelinten päätösten ja ohjeiden mukaisesti.
Alueosuuskaupan edustajisto valitsee vuosittain tilintarkastajat seuraavalle tilikaudelle nimeämistoimikunnan suorittaman valmistelun pohjalta.