Hallitus vastaa Eepeen liiketoiminnan menestyksellisyydestä. Hallituksen puheenjohtajana toimii Eepeen toimitusjohtaja ja sen jäsenten enemmistö koostuu asiakasomistajien edustajista.
Hallituksen tärkeimmät tehtävät ovat:
- päättää Eepeen keskeiset strategiat ja tavoitteet
- päättää vuosittain Eepeen taloudelliset kokonaistavoitteet ja tarvittavat kokonaissuunnitelmat
- päättää investoinnit
- johtaa ja valvoa liiketoimintaa.
Kaikkien Eepeen toimielinten jäsenten tulee noudattaa lain ja sääntöjen määräyksiä käyttäessään heille uskottua päätösvaltaa.
Vuonna 2011 Eepeen hallitukseen ovat kuuluneet seuraavat henkilöt:
- Kimmo Simberg, pj. toimitusjohtaja, restonomi, MBA
- Elina Varamäki, vpj. dosentti, tutkijayliopettaja, kauppatiet. tohtori
- Jari Palo, kaupallinen johtaja, kauppatiet. maisteri
- Unto Kangas, agrologi
- Markku Saksa, yrittäjä
Hallituksen kokouksiin ovat osallistuneet myös hallintoneuvoston puheenjohtaja Hanna Valtari ja varapuheenjohtaja Kyösti Yli-Karjanmaa sekä johtajiston jäsenet Juhamatti Aronen, Raija Kalliokoski, Seppo Kuusisaari, Esa Nuottivaara ja Kaj Mäkelä 30.9.2011 saakka, jonka jälkeen Mäkelä siirtyi eläkkeelle.
Hallitus on pitänyt vuoden 2011 aikana 14 kokousta, joissa on kirjattu yhteensä 164 pöytäkirjan pykälää.
Hallintoneuvosto on kokouksessaan 14.12.2011 valinnut hallituksen jäseniksi vuodeksi 2012 uudelleen seuraavat henkilöt: Unto Kangas, Jari Palo ja Elina Varamäki Seinäjoelta sekä Markku Saksa Teuvalta.
Hallituksen puheenjohtajana on toiminut toimitusjohtaja Kimmo Simberg ja varapuheenjohtajana Elina Varamäki. Sihteerinä on toiminut talousjohtaja Kaj Mäkelä 30.6.2011 saakka ja 1.7.2011 alkaen talousjohtaja Raija Kalliokoski.