Eepeen hallintoneuvostoon kuuluu 21 jäsentä, joista 19 valitsee edustajisto. Muut kaksi ovat Eepeen palveluksessa olevia henkilöstön edustajia. Hallintoneuvostoon valitaan sellaisia Eepeen jäseniä, joilla on riittävä hallinnollisten ja liiketaloudellisten asioiden tuntemus. Lisäksi valinnassa tulee ottaa huomioon, että hallintoneuvostossa tulevat Eepeen toimialue ja jäsenistö mahdollisimman tasapuolisesti edustetuiksi.
Hallintoneuvoston tehtävät jakautuvat kolmeen aihealueeseen:
- liiketoiminnan valvonta
- Eepeen toiminnan huomattavasta supistamisesta tai laajentamisesta päättäminen ja strategian vahvistaminen sekä
- hallituksen ja toimitusjohtajan valinta.
Hallintoneuvoston varsinaisina jäseninä ovat olleet vuonna 2011 seuraavat henkilöt:
- Valtari Hanna, pj, koulutuspäällikkö, kotitalousneuvos
- Yli-Karjanmaa Kyösti, varapj, maatalousyrittäjä, agrologi
- Aromaa Arja, terveydenhoitaja
- Ehrs Johnny, yrittäjä, merkonomi
- Haapa-Aho Anne, lastentarhanopettaja
- Harju Sirkku, etuuskäsittelijä, yo-merkonomi
- Hautala Lasse, kansanedustaja, agrologi
- Honkola Aaro, rahoitusjohtaja, kauppatieteiden maisteri
- Kitinoja Sisko, maanviljelijä, yo-merkonomi
- Kivipelto Taavi, insinööri
- Kivistö Anssi, optikko
- Lehtinen Heikki, maanviljelijä
- Olkkonen Heikki, maanviljelijä, agrologi
- Pakkala Sirkka, maanviljelijä
- Peltola Asko, maakuntajohtaja, maanviljelijä, maatalous- ja metsätieteiden tohtori –insinööri
- Sikkilä Riittaliisa, perushoitaja
- Sinkkonen Merja, emäntä
- Vanhanen Markku, talousjohtaja, filosofian maisteri
Henkilöstön edustajat:
- Pollari Tapani, kenttämyyjä
- Vasalampi Teea, marketpäällikkö